Chaque établissement scolaire public peut soumettre un Pé. L’initiative peut être prise par tout membre de la communauté scolaire : l’important est que le projet rallie le plus grand nombre possible de personnes autour d’objectifs communs.
A cet effet, le projet doit être validé par le Conseil d’éducation du lycée en tant qu’organe représentatif de tous les partenaires scolaires concernés.

L'établissement scolaire est libre de choisir le domaine d’intervention de son Pé, c.-à-d. qu’il en fixe lui-même le contenu, les objectifs et les activités à mettre en œuvre, en fonction d’une des priorités retenues par les membres du Conseil d’administration du CCPÉ.

La durée d'un projet Pé peut varier entre un et trois ans, hors préphase. L'année du Pé correspond à l'année scolaire donc du 15 septembre d'une année au 14 septembre de l'année d'après.

Avant d'entamer la mise en œuvre, le Pé passe par préphase. Cette préphase, d'une durée d'une année scolaire, sert au groupe de pilotage à élaborer de manière précise le Pé et à planifier les activités qui seront mises en œuvre pendant toute la durée du projet proprement dit.

L'établissement scolaire se voit attribuer, pour chaque année de projet, une enveloppe financière qu’il gère lui-même. Les dépenses effectuées en cours d’année sont inscrites dans un journal et un rapport financier qui seront remis au CCPÉ en fin d’exercice et fera l’objet d’un audit financier.
L’objectif de l’audit financier est de vérifier que les dépenses effectuées sont en relation avec les objectifs et les activités du Pé.

Les établissements scolaires et/ou les chefs des Pé sont à chaque fois avisés plusieurs semaines à l’avance des dates d’échéance de sorte qu’il leur reste suffisamment de temps pour élaborer les documents.