Chaque lycée et lycée technique public peut soumettre un projet d’établissement. L’initiative en peut être prise par tout membre de la communauté scolaire : l’important est que le projet rallie le plus grand nombre possible de personnes autour d’objectifs communs.
A cet effet, le projet doit être validé par le Conseil d’éducation du lycée en tant qu’organe représentatif de tous les partenaires scolaires concernés.

Le lycée est libre de choisir le domaine d’intervention de son projet d’établissement, c.-à-d. qu’il en fixe lui-même le contenu, les objectifs et les activités à mettre en œuvre. Ceci étant, il est recommandé aux établissements de concevoir leurs projets en fonction d’une des priorités retenues par les membres du Conseil d’Administration du CCPÉ.

La durée d'un projet d'établissement peut varier entre 1 et 3 ans. L'année de projet correspond à l'année scolaire et s'étend en général du 15 septembre d'une année au 14 septembre de l'année d'après.

Avant d'entamer la mise en œuvre, le «pé» passe par une «préphase». Cette «préphase», d'une durée d'une année scolaire, sert au groupe de pilotage à élaborer de manière précise le projet et à planifier les activités qui seront mises en œuvre pendant toute la durée du projet proprement dit (d'une à trois années scolaires après la préphase).

Le lycée se voit attribuer, pour chaque année de projet, une enveloppe financière qu’il gère lui-même. Les dépenses effectuées en cours d’année sont inscrites dans un rapport financier qui sera remis au CCPÉ en fin d’exercice et fera l’objet d’un audit financier.
L’objectif de l’audit financier est de vérifier si les dépenses encourues sont en relation avec les objectifs et les activités du projet.

La liste des dossiers / rapports à remettre au CCPÉ en cours d’année scolaire peut être consultée sous Comment faire un PÉ? - Formulaires. Les chefs de projet sont à chaque fois avisés plusieurs semaines à l’avance des dates d’échéance de sorte qu’il leur reste suffisamment de temps pour élaborer les documents.